Zadania: rozpatrywanie wniosków o przyznanie pomocy materialnej z uwzględnieniem progów dochodowych i kwot ustalonych przez Komisję ds. Pomocy Materialnej TD UJ i zatwierdzonych przez Rektora UJ.

Komisje powoływane są corocznie na niżej wyliczonych wydziałach.
Składy komisji w roku akademickim 2017/2018:

Wydział Prawa i Administracji
1. mgr Agnieszka Gurbiel - Przewodnicząca komisji 
2. mgr Jan Kluza
3. mgr Stanisław Regiec

Wydział Lekarski
1. lek. Anna Kańtoch - Przewodnicząca komisji 
2. mgr Magdalena Kaziuk
3. mgr inż. Dagmara Wójcik
4. mgr Bartłomiej Jałocha

Wydział Farmaceutyczny
1. mgr Patrycja Nowak – Przewodnicząca Komisji
2. mgr Józef Mizera
3. mgr Dorota Steg 

Wydziałowe Komisje Stypendialne TDUJ działają na podstawie art. 199 ust. 3 Ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym. Przepis ten stanowi, iż do przyznawania doktorantom świadczeń pomocy materialnej stosuje się odpowiednio przepisy o pomocy materialnej dla studentów.

Owymi przepisami odpowiednio stosowanymi do doktorantów są art. 175 ust. 3 i art. 177 Ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym:

Art. 175. 1. W uczelni posiadającej podstawowe jednostki organizacyjne świadczenia, o których mowa w art. 173 ust. 1 pkt 1-3 i 6-8, są przyznawane na wniosek studenta przez kierownika podstawowej jednostki organizacyjnej, przy czym stypendium za wyniki w nauce może być także przyznane bez konieczności składania wniosku przez studenta.

2. Od decyzji kierownika podstawowej jednostki organizacyjnej studentowi przysługuje odwołanie do rektora składane w terminie czternastu dni od otrzymania decyzji.

3. Na wniosek właściwego organu samorządu studenckiego kierownik podstawowej jednostki organizacyjnej lub rektor uprawnienia, o których mowa w ust. 1 i 2, przekazują odpowiednio komisji stypendialnej lub odwoławczej komisji stypendialnej.

Art. 177. 1. Komisję stypendialną i odwoławczą komisję stypendialną, o których mowa w art. 175 ust. 3, powołuje odpowiednio kierownik podstawowej jednostki organizacyjnej lub rektor spośród studentów delegowanych przez właściwy organ samorządu studenckiego i pracowników uczelni.

2. Komisję stypendialną i odwoławczą komisję stypendialną, o których mowa w art. 176 ust. 3, powołuje rektor spośród studentów delegowanych przez właściwy organ samorządu studenckiego i pracowników uczelni.

3. Studenci stanowią większość składu komisji, o których mowa w ust. 1 i 2.

4. Decyzje wydane przez komisje stypendialne i odwoławcze komisje stypendialne, o których mowa w art. 175 ust. 3 i art. 176 ust. 3, podpisują przewodniczący tych komisji lub działający z ich upoważnienia wiceprzewodniczący.

5. Nadzór nad działalnością komisji stypendialnej i odwoławczej komisji stypendialnej, o których mowa w art. 175 ust. 3, sprawują odpowiednio kierownik podstawowej jednostki organizacyjnej lub rektor, a nadzór nad działalnością komisji, o których mowa w art. 176 ust. 3, rektor.

6. W ramach nadzoru, o którym mowa w ust. 5, odpowiednio kierownik podstawowej jednostki organizacyjnej lub rektor może uchylić decyzję komisji stypendialnej lub odwoławczej komisji stypendialnej niezgodną z przepisami ustawy lub regulaminem, o którym mowa w art. 186 ust. 1.

Analogiczne organy tj. komisje stypendialnej lub odwoławcze komisje stypendialne mogą być zatem tworzone również dla doktorantów.

Konkretyzację przepisów ustawy stanowią postanowienia Regulaminu Towarzystwa Doktorantów Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz Zarządzenie nr 104 Rektora UJ z dnia 16 paźdzreirnika 2017 r. w sprawie: zasad przyznawania świadczeń pomocy materialnej dla doktorantów Uniwersutetu Jagiellońskiego ze środków pomocy materialnej dla studentów i doktorantów