„Zeszyty Naukowe Towarzystwa Doktorantów UJ" powstały w 2010 roku. Powołano do istnienia trzy serie tematyczne: humanistyczną, społeczną i ścisłą, które wydawane były jako półrocznik. W skład komitetu założycielskiego czasopisma weszli: Anna Bogdali (red. prowadząca serii ścisłej), Joanna Dziadowiec (red. prowadząca serii humanistycznej), Anna Kowalcze-Pawlik (seria humanistyczna), Marcin Lubecki (zastępca red. naczelnej), Rafał Opulski (seria społeczna), Paulina Tendera (red. naczelna), Krystyna Wajda (red. prowadząca serii społecznej), Aleksandra Wilczura (seria społeczna), Anna Wrońska (seria humanistyczna).

Pierwotnie wydawana była wyłącznie wersja elektroniczna „Zeszytów", końcem roku wybrane teksty drukowano w Roczniku, którego dwa numery dostępne są na naszej stronie. Od numeru czwartego wszystkie tomy ukazują się zarówno w wersji elektronicznej, jak i drukowanej.  Od 2013 roku nasze czasopismo znajduje się na liście B czasopism punktowanych Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego.

Redaktorzy naczelni:
2010-2012 - Paulina Tendera (zastępca: M. Lubecki)
2012-2016 - Marcin Lubecki (zastępcy: P. Tendera, R. Kur, N. Michna, A. Nyzio)
2017 - Arkadiusz Nyzio (zastępca: E. Modzelewska)

Redaktorzy prowadzący serii humanistycznej:
2010-2011 - Joanna Dziadowiec
2012-2014 - Przemysław Tacik
2014-2015 - Alicja Kosterska
2015-2016 - Ewa Modzelewska

Redaktorzy prowadzący serii społecznej:
2010 - Krystyna Wajda
2011 - Aleksandra Wilczura
2011-2014 - Rafał Opulski
2014-2016 - Jakub Rogulski

Redaktorzy prowadzący serii nauk ścisłych:
2010-2012 - Anna Bogdali
2013-2016 - Klaudyna Śpiewak
2016 - Wojciech Tomczyk